有关qsub在Linux下的使用指南(qsublinux)

在Linux环境下，有许多工具和命令可用于提升工作效率和计算速度。其中，qsub是一款使用广泛的命令行工具，可帮助用户将计算任务提交到集群系统中进行处理。本文将介绍qsub在Linux下的具体使用指南，帮助读者更好地掌握和使用该工具。

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一、qsub的基本介绍

qsub全称为”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理软件中的一个命令行工具。它的主要作用是将用户提交的任务加入到队列中，等待计算节点执行。qsub可在Unix/Linux等操作系统下使用，是高性能计算集群中提交任务的标准方式之一。

二、qsub的安装与配置

如果您的系统中已经安装了SGE集群管理软件，则qsub命令已经包含在其中。如果没有安装，可以通过以下命令进行安装：

sudo apt-get install gridengine-client

安装完成后，需要进行相关配置。具体步骤如下：

1. 配置集群管理器

在集群中安装SGE集群管理软件后，需要执行以下命令来配置SGE：

sudo /usr/share/gridengine/util/install_modules/install_modules_local

安装完成后，需要启动SGE服务：

sudo service gridengine-master start

2. 配置qsub

安装完SGE集群管理软件后，可以使用qsub命令来执行计算任务。在使用qsub之前，需要进行以下配置：

（1）创建一个工作目录，在其中创建一个脚本文件。脚本文件中包含要执行的命令和参数。

（2）在脚本文件的开头写入#!/bin/bash，表示这是一个shell脚本。

（3）在脚本文件中添加作业控制参数，如#BSUB命令、#PBS命令等。

（4）将脚本文件命名为job.sh并保存在工作目录中。

（5）使用qsub命令将任务提交到集群系统中。

三、qsub的使用

1. 命令格式

qsub [-ACdfklmnpqtTv] [-@ 条件] [-a 开始时间] [-A 账户] [-b y/n] [-c n] [-C 目录] [-cwd] [-e 错误文件] [-h] [-I] [-j y/n] [-js 脚本] [-l 资源] [-m y/n] [-M 邮件地址] [-N 作业名称] [-o 输出文件] [-p 优先级] [-P 项目] [-r y/n] [-S 解释器] [-u 用户] [-v 环境变量] [-V] [-w 类型] [-W 等待时间] [-x] [脚本]

2. 常用参数

（1）-l 资源：指定作业执行要求的资源，如使用节点数、CPU数量、内存大小等。

（2）-N 作业名称：指定作业的名称，方便管理和查找。

（3）-o 输出文件：指定标准输出文件的名称。

（4）-e 错误文件：指定标准错误输出文件的名称。

（5）-p 优先级：指定作业执行的优先级。

（6）-q 主机名：指定要使用的计算节点。

（7）-S 解释器：指定作业使用的解释器。

（8）-V：将环境变量传递给脚本中的程序。

四、qsub的示例

下面给出一个qsub的使用示例，该示例中，我们将使用qsub命令将一个简单的程序提交到集群系统中执行。

1. 创建一个工作目录，将以下脚本保存为job.sh：

#!/bin/bash

#$ -N test

#$ -cwd

#$ -l nodes=1:ppn=8

echo “hello, world!”

以上脚本表示，我们将创建一个名为test的作业，要求使用1个节点和8个CPU核心，使用默认的工作目录并输出”hello, world!”。

2. 使用qsub命令提交作业并查看执行结果：

qsub job.sh

qstat -u [username]

以上命令将作业提交到集群系统中，并使用qstat查看执行结果。如果作业执行成功，将在标准输出文件中输出”hello, world!”。

五、

通过本文的学习，我们了解了qsub在Linux环境下的相关知识和使用指南。在实际工作中，qsub将为用户提供便捷的计算任务提交方式，极大地提高了工作效率和计算速度。希望读者们能够深刻理解并掌握qsub命令的使用方法，从而更好地利用Linux环境中的优秀工具。

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Linux/超算中PBS常用命令

新手，纯纯搬运工【出处引用自：

】

1. Linux常用命令

最常用：

ls（英文全拼：list files）：列出目录及文件名

ls -l：列出目录及文件名，可查看更多

ls -al：可以看到隐藏文件

cd（英文全拼：change directory）：切换目录

cd .. ：返回上一级

cd

文件夹

名：进入目录

pwd（英文全拼：print work directory）：显示目前的目录

mkdir 文件夹名（英文全拼：make directory）：创建一个新的目录

rmdir 文件夹名（英文全拼：remove directory）：删除一个空的目录

cp xxx xxx（英文全拼：copy file）: 复制文件或目录

mv xxx xxx（英文全拼：move file）: 移动文件或目录，或修改文件或目录的名称

rm（英文全拼：remove）: 删除文件

rm -r 文件夹名：递归删除某目录

clear：清空terminal的所有内容（或者使用Ctrl+L）

tab按键：补充完整文件名或文件夹名

次常用：

vim/vi 某文件 （编辑文件）

nano 某文件 （编辑文件）

touch 文件 （新建空文件）

sudo -s （切换到root模式磨桥姿）

exit （退出root模式等）

sudo chmod -R 755 文件名/文件夹名 （获取文件/文件夹的755权限）

chown （改变文件或目录的所有者）

chgrp （改变文件或目录的所属组）

make （编译成.exe）

解压/解包：

tar文件 （注：tar是打包，不是压缩！）

解包：tar xvf FileName.tar

打包：tar cvf FileName.tar DirName

.gz文件

解压1：gunzip FileName.gz

解压2：gzip -d FileName.gz

压缩：gzip FileName

.

tar.gz

 和 .tgz文件

解压：tar zxvf FileName.tar.gz

压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName

安装和卸载deb软件包：

安装：sudo dpkg -i deb文件

查看：sudo dpkg -l

卸载：sudo dpkg -r 软件名

参考资料：

  Linux 教程

  Linux常用命令

  linux中tar命令的用法

  全瞎绝网最全Linux命令总结

2. vim/vi里的操作

:q 退出

:wq 保存并退出

:w 保存

:q! 强行退出（不保存退出）

:w! 强行保存

i 进入编辑，转为输入模式（光标前面）

a 进入编辑，转为输入模式（光标后面）

o 进入编辑，转为输入模式（光标下方新建一行）

Esc 退消肆出i（插入）命令

3. 超算中PBS常用命令

pbsnodes （查看所有节点）

pbsnodes -l free （查看空闲节点）

pbsnodes 某节点 （查看某节点状态）

.sh

某节点 （转到某节点）

exit （离开节点）

qsub 文件名.pbs/sh （提交任务）

qstat （列出状态）

qstat -q （列出队列）

qstat -n （列出队列中使用的节点）

qstat -f jobid （查看jobid任务的详细信息）

qdel jobid （取消任务）

4. 其他

（1）Linux开机自启

sh文件中包含：

#!/bin/bash#chkconfig:#description:auto_run

sh文件移动到/etc/init.d后，分别输入命令：

chkconfig –add xxx.sh

chkconfig –list

chkconfig xxx.sh on

service xxx.sh start

参考资料： linux 开机启动 .sh 文件 – 自己的太阳 – 博客园

（2）Linux

环境变量

方法1：临时使用环境变量：export PATH=”/home/www/anaconda3/bin:$PATH”

方法2：修改.bashrc文件

参考资料： Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的专栏

（3）两个sh文件

a.sh文件（用于提交任务，执行a.py文件）

#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1python a.py

a.sh文件（用于提交任务，执行a.

exe文件

）

#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1./a.exe

（4）一个makefile文件

makefile文件（用于编译Fortran文件）

INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2023.2.164/mkl/include/intel64/lp64

LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2023.2.164/mkl/lib/intel64

mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc

src:=Console1exec:=a

all: $(src).f90

Linux集群使用命令

存储NAS 文件操作

df -h查看空间使用情况

警惕超大 nohup.out

任务提交

任务提交前

qhost–查看集群负载状态

qsub / qsub-sge.pl–提交茄逗任务

qstat–查看任务状态

qdel / qmod–任务控制

任务查看

qhost -j—列出所有用户在每个节点上的任务

qhost -q—列出每个节点上每个队列的任务数

qhost -u username—列出某个用户在每个节点上的任务

提交命令

qsub -cwd -q queue.q test.sh

qsub-sge.pl –maxproc 50 –resource vf=5G –queue queue.q test.sh

任务查看2

qstat -u username—查看某个用户的任务

qstat -u *,—查看所有用户的任枯纳告务

qstat –j jobs_ID—查看某个任务的详细信息

查看.e和.o文件

.e：错误信息

.o：标准输出

任务控制

qdel jobID—删除某个任务

qdel -u username—删除某个用户的所有任务

qmod -s jobID–挂起某个任务

qmod -us jobID—继续运行某个挂起的任务

按任务占用内存大小选择相应的队列

查看队列 qstat -g c

QUEUE

PE.q–并行

cloud.q–云平台

general.q–96G节点

middle.q–96G节点

great.q–大内存节点

plus.q–大内存节点

single.q–Trinity组装

single._p.q—Trinity组没明装（占用内存较大）

TOP监视

编辑于

红旗Linux. bash：qsub：command not found，该怎么解决

——解兆档决方案——

——解决方族戚乱仔咐案——

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